Обучението от 5 до 7 клас в НСОУ „София” е организирано в сутрешна учебна смяна от 8:00ч. Учениците, завършили успешно 4 клас на училището продължават обучението си в прогимназиален етап. Първи чужд език е английски.

При желание за учениците от 5 клас в следобедните часове се организират групи за самостоятелна подготовка под ръководството на преподаватели от училището с възможност за ползване на организиран транспорт. През учебната 2009/2010 година НСОУ „София” обявява допълнителен прием от 5 до 7 клас.